醫務管理學系
醫務管理學系為本學院第一個成立的系所，成立於1997年。有鑒於1995年全民健康保險開辦，為因應健康保險體制的變革，醫療機構管理人才需求增加， 為培養醫務管理專業人才，本校成立醫務管理學系大 學部，並陸續成立碩士班、碩士在職專班及學士後大數據專班，已培育許多優秀人才加入醫療產業。除了為本土機構培育人才，為促進國際交流及宣揚本校專長，於2009年設立「國際醫務管理碩士學位學程」，提供全英語課程，招收外籍學生，除了輸出台灣的醫務管理經驗，也透過國際交流經驗，提供其他發展中國家實質的幫助。
2023年，醫務管理學系大學部更是順利通過AUPHA國際認證，成為美加地區以外第二、全台第一個通過AUPHA 認證之醫務管理學系。本系將持續致力於教學品質、產業鏈結及國際發展等面向之提升，未來必大幅增加國際能見度，亦更有利於本系師生與國際接軌。
大數據科技及管理研究所
成立於2016年，設立目的係以全球大數據產業及人工智慧發展為方向，強調創新應用資訊、科技、資料分析與決策規劃的整合訓練。本所目標在因應與解決醫療、統計、資訊、資料科學及大數據產業的相關經驗與實務，讓學生能夠具備使用大數據資訊技術解決實務問題的能力，並讓本所成為最具特色的大數據人 才培育中心。
管理學院生物科技高階管理碩士在職專班
設立於 2016 年，秉持北醫大誠樸校訓，以生技深度、管理廣度、全球學習定位，致力培養勇於承擔社會責 任的生醫健康領導人，開辦具國際知名度的優質課 程，創建教學研究分享平台、和終身學習國際平台。透過傑出的企業家學員、出色的教學團隊、臺北醫學大學醫療研發，以及生物技術項目的合作，打造以培養才德兼修、善念天下的生技菁英領袖為使命的世界一流醫學大學生技EMBA。
國際生技醫療管理博士學位學程
本學程為全英語授課課程，設立目標在於將大數據、智慧醫療和管理相結合，以培養未來教育與研究專才，並提供進階的跨域與實務面知識，以及紮實的研 究能力，以做為未來生技管理高階研究人才的搖籃。
健康產業數據加值研究中心
於2015年設立，成立目的在於利用資料分析技術與產業合作研究，導入大數據及人工智慧思維，將三大核心 - 數據人才培育、提升研究能量，並加強跨領域整合，積極推動資料分析、學術研究、產業交流與人才培養。本研究中心提供一個合作平台，跟產官學的合作奠定很好的基礎。